仁科加速器研究センター RIBF Linux Cluster 利用の手引き (ドラフト)

質問等 system at ribf.riken.jp に御願いします。

目次


改訂履歴

1. システムの概要説明

RIBF Linux Clusterは現在以下のサーバ等から構成されています。OSはすべてFNALで開発されている Scientific Linuxを
採用しています。簡単なシステムの構成図と説明がここ(pdf)にあります。

各ユーザーの Home Directory は 16TBの Fiber Channel RAIDで構成されて います。 2015年4月1日現在
で各ユーザの Home directoryの Diskquota (ファイル総容量の制限)は 100 GBに設定されています。

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1) 使用できる磁気ディスク装置

Home directory

各ユーザの home directoryは /rarf/u 以下にあり、これは RIBF.RIKEN.JP上の 16TBのFiber channel RAID6 diskです。
通常各ユーザあたり 100 GB の quota を設定しています。 (March 2015 updated)

実験データ作業用ディスク装置

rarfdata02, ribfdata03 に作業用52 TB Raid5 2台 (合計104 TB)、Raw Data用のRAIDが1台(52TB)接続されています。
ribfdata02には、作業用Raid /rarf/w/r21, r22, r23,r24 RIBFDATA03には/rarf/w/r31, r32, r33,r34 の RAIDが接続さ
れています。Raw Data用のRAIDがそれぞれ26TBづつ接続されています
(作用業RAIDのdisk quota は各自 1TBに設定されています。)
作業用RAIDをアクセスするときは、それぞれのRAIDが接続されているサーバにログインしてご利用ください
(他のノードからNFSマウントで使用すると、NFSの性能上の制約のため、I/O性能が発揮できません)

2. 使用方法のガイド (RIBF Linux Serverローカルガイド)

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1) 所内、所外からのアクセス方法

理研仁科センター外から ribf00.riken.jp, ribf01.riken.jp , ribfdata02.riken.jp, ribfdata03.riken.jp の各ノードへの ログイン時、
ファイル転送時は、 公開鍵認証によるSSHをご利用ください。 パスワード認証のsshではログインできません。

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1) passwordの変更方法

各ユーザーのアカウントは NIS Database上に作成しているので password を変更するときは yppasswd コマンドを利用してください。
Passwordは必ず 特殊文字を含む8文字にしてください。

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2) login shellの変更方法

login shellを変更するときは,ribf00 で ypchsh コマンドを使用 してください。 Defaultのシェルは /bin/bash です。

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3) 電子メールの利用方法

電子メールサービスはRIBF.RIKEN.JP でサポートしています。 こちらをご覧ください。

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4) プリンター環境

ribf02.riken.jpでプリンターサーバ(Cups)を運用しています。登録されているプリンタ一覧はここにあります。

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5) コンパイラー

以下のコンパイラー等が利用可能です。利用詳細はマニュアルのセクション をご覧ください。(man xxx で簡便な使用法がでます)

RIBF00,01,RIBFDATA02,RIBFDATA03
Scientific Linux 6 にインストールされている標準のコンパイラ(gcc, c++, gfortran, g77等)が利用できます。
Intel Fortran XE2015
(csh) source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.csh intel64
(bash) source /opt/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64
English: http://ribf.riken.jp/comp/info/composer_xe_2015/en_US/compiler_f/
Japanese: http://ribf.riken.jp/comp/info/composer_xe_2015/ja_JP/compiler_f/

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6) TeX

RIBF00, RIBF01に日本語対応のTexLive 2014をインストールしてあります。
TeX入力の日本語は UTF8 文字コードにしてください。(nkf -w < inf > outf でinfをutf8に変換)
利用できるコマンドは (platex, pxdvi, dvipdf, dvipdfmx, gv) など

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9) 個人の Web Home Page

各ユーザーの Home directory 直下の public_html の directory 上のファイル ($HOME/public_html) は,RIBF http serverで
URL がhttp://ribf.riken.jp/~username として公開されます。 (other に対して ファイルはread,directoryは executeのアクセス権があること)

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10)原子核実験,物理関係 ライブラリーソフトウェア

(a) CERN Program Library ribf00/ribf01

CERN Program Library(CERN で開発された高エネルギー物理、原子核物理用 の数値計算ライブラリー、データ解析ライブラリー等)がインストールされて おり、利用することができます。いくつかの Version の binary, Libraryが /cern 以下にあるので、pro version 以外も利用することができます。 例えばDISPLAY 環境変数の設定後 paw++ とすると paw++ が起動される。

ribf00> setenv DISPLAY myXterminal:0
ribf00> paw++

(B) ROOT ribf00/ribf01/ribfdata02/ribfdata03/ [ see /opt/root/README ] Object-Oriented Data Analysys Framework で、高エネルギー 原子核実験 (CERN NA49, RHIC PHENIX/STAR等) で広く使われだしたもので、 PAW や PIAF の次世代版ともいわれています。 C++ 言語でかかれており C++ の インタープリタ-も内蔵されています。ユーザーソフトウェア環境は C++です。 例えば DISPLAY 環境変数の設定後 以下で デモ が起動できます。

ribf00 > setenv DISPLAY myXterminal:0
ribf00> cd /cern/root/tutorials
ribf00> root
root [0] .x demos.C (or .x benchmarks.C)

(C) Topdrawer ribf00/ribf01

Topdrawer は古くからある科学技術分野の描画toolで 数字の羅列のファイル の前後に数行描画コマンドを書くだけで、きれいな図を出力します。この図 は投稿論文にも使用できる Quality があります。 td で起動でき、defaultの出力装置は X11 Windowになっています。 この UNIX版の Topdrawerのリリースノート及び マニュアル があります。 この Topdrawerは 1970年代に SLACで開発され、 後に FNALで UNIXに移植されたものを、岡村弘之さんが拡張した版です。初期の SLAC版 との若干の非互換部分のヒントがあります。 (2000.11.09)

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11) フリーソフトウェア

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14). 有益なリンク集

物理屋に便利なUNIX関連のドキュメント等へのリンク集

その他のリンク集



					(市原 卓    放射線研究室)